La fundación del Museo Etnográfico "Dr. Andrés Barbero" se debe al gran filántropo y estudioso Dr. Andrés Barbero, quien siendo presidente de la Sociedad Científica del Paraguay y en colaboración con otras instituciones, cursó la invitación para fundar un Museo de Historia y Etnografía el 21 de junio de 1929. El Acta con fecha 26 de junio, fue firmada por el Dr. Barbero y los presidentes del Gimnasio Paraguayo y de “Cultura Guaraní”, además de muchas otras personas destacadas en las ciencias y la cultura nacional. Su primera sede fue el local de la Cruz Roja Paraguaya y desde el año 1956 se encuentra en el edificio "Museum Dr. Andrés Barbero", en la calle España 217 de la ciudad de Asunción.

Es propiedad de la Fundación "La Piedad", Entidad Civil de Beneficencia y Cultura, administradora del patrimonio de la Familia Barbero y continuadora de sus propósitos filantrópicos.

Desde el año 1933 hasta 1946 fue Director y organizador inicial del museo el ilustre etnólogo alemán Dr. Max Schmidt, gran explorador del área del Mato Grosso. A él se debe el primer estudio sistemático sobre los hallazgos prehistóricos en el Paraguay y varios viajes de estudio a diferentes pueblos indígenas del Chaco.

A la muerte de sus mentores el Dr. Barbero y el Dr. Schmidt, la dirección del museo y la reorganización fueron encomendadas a la Dra. Branislava Susnik quien desde 1951 prosiguió las actividades acrecentando las colecciones mediante viajes de estudio entre los indígenas del Paraguay. Con la actual sede, se inició una nueva época con una exposición permanente de las colecciones, una organizada biblioteca especializada y documentación sistematizada.

La Dra. Susnik estuvo al frente del museo por 45 años, a su fallecimiento en el año 1996 le sucedió la Lic. Adelina Pusineri, actual directora.